Аптека в форме ИП, как и другие предприниматели, по закону может использовать патентную систему налогообложения (ПСН). Однако на деле уже несколько лет реализовать это право в полном объеме очень сложно из-за множества ограничений. Мы решили разобраться, какие новшества ПСН грядут с наступлением 2026 года, есть ли способ для аптек воспользоваться патентом и какие альтернативные налоговые режимы им лучше применять: УСН, ОСНО или АУСН.

Как работали аптеки на ПСН раньше и почему это стало почти невозможно

Налоговый кодекс позволяет индивидуальным предпринимателям использовать ПСН при занятии фармацевтической деятельностью, кроме реализации лекарств, подлежащих обязательной маркировке - то есть любых лекарств, кроме изготовленных самой аптекой. Однако самостоятельно создавать препараты ИП не имеет права, поэтому возникает юридический тупик: большинством лекарств предпринимателю на ПСН торговать нельзя.

На ПСН можно заниматься розничной торговлей на объекте, имеющем торговый зал до 150 кв м. Поэтому аптеки-ИП могут использовать ПСН для продажи товаров аптечного ассортимента. Например, БАД, аптечной косметики, медицинских изделий. Несмотря на то, что эти товары подлежат маркировке, их не внесли в список запрещенных к реализации при ПСН.

Патент можно сочетать с другим режимом, например, с упрощенкой, чтобы продавать лекарства. Это довольно непростой путь, рациональность его использования зависит от конкретного бизнеса. 

Мы расскажем об основных новшествах ПСН в 2026 году для тех аптек, которые все еще сохранили этот режим применительно к нелекарственному ассортименту, и поясним возможности других налоговых режимов.

До 2026 года аптеки могли применять ПСН, кроме продажи маркированных лекарств, если:

• годовой доход не превышал 60 млн руб.;
• средняя численность работников –– до 15 человек;
• патент для аптек предусмотрен законом субъекта РФ, в котором аптека расположена.

Основные изменения ПСН в 2026 году

С 2026 г. меняется главный критерий –– предельный размер доходов на ПСН (пп. 1 п. 6 ст. 346.45 НК РФ в новой редакции).

Годовой лимит будет снижаться поэтапно:

• в 2026 г. –– 20 млн руб. (учитываем доходы в 2025 и в 2026 гг.);
• в 2027 г. –– 15 млн руб. (смотрим доходы за 2026 и 2027 гг.);
• с 2028 г. и далее –– 10 млн руб. (учитываем доходы за 2027 и последующие годы).

Если у ИП несколько патентов или он сочетает ПСН и УСН, то в расчет берут доходы по всем патентам и УСН суммарно (Письма Минфина России от 30.04.2025 № 03-11-11/43940, от 23.01.2025 № 03-11-11/5315).

Напомним, что для применения ПСН нужно учитывать размер доходов предыдущего года, а также сравнивать с лимитом в текущем году. Например, если в 2025 г. доход аптеки составил 25 млн руб., то в 2026 г. работать на патенте уже нельзя.

Остальные требования –– предельная численность сотрудников, виды патентной деятельности, ставка налога 6% –– не меняются.

Какие доходы учитывать для определения лимита

Чтобы понять, впишутся ли доходы ИП в лимит, надо считать выручку от продажи товаров (пп. 1 п. 6 ст. 346.45 НК РФ, п. 33 ст. 4 Федерального закона от 12.04.2010 № 61-ФЗ). Не учитываются неустойки, возмещение вреда и другие поступления, не связанные с реализацией.

Доходы считают кассовым методом: по дате, когда деньги пришли на расчетный счет аптеки или в кассу. Поступление аванса тоже учитывают.

Применяем вместе — считаем тоже вместе?

Предприниматели – владельцы аптек могут приобретать патент на розничную торговлю. Это позволяет торговать товарами, не запрещенными при ПСН, например, косметикой, БАД и др. А если совместить ПСН и другой режим, например, упрощенку, то можно продавать лекарства с обязательной маркировкой.

Как считать предельный доход при совмещении режимов или нескольких патентов:

• Если у ИП несколько патентов или патент применяют вместе с УСН, то в расчет берут сумму доходов по всем патентам и по УСН.
• Если предприниматель работает на патенте и на общем режиме налогообложения (т.е. платит НДФЛ), доходы по общей системе в расчете лимита не учитываются.

На какой режим аптека может перейти с патента

Предпринимателю, который уверен, что не станет использовать ПСН, нужно выбрать другой налоговый режим. Рассмотрим несколько ситуаций:

1. Если ИП – владелец аптеки совмещал патент с УСН, то доходы от патентной деятельности могут облагаться налогом в рамках упрощенной системы. Никаких заявлений и уведомлений при этом в налоговую инспекцию подавать не нужно.
2.   Если УСН аптека не применяла, а работала только с патентом, то нужно подать в инспекцию уведомление о переходе на УСН до 31 декабря. Тогда использовать упрощенку можно со следующего года. Нужно будет выбрать объект: «доходы» или «доходы минус расходы». В этом году 31 декабря –– нерабочий день. Поэтому подать уведомление о переходе на УСН можно до 12 января 2026 г. включительно.

Конечно, вторая ситуация маловероятна. Ведь для продажи полного аптечного ассортимента патента на деле недостаточно.

НДС на упрощенке с 2026 года

С 2026 г. налоговая нагрузка в виде НДС предусмотрена даже при умеренных для бизнеса доходах. Чтобы не платить НДС на упрощенке, нужно:

• в 2026 г. — чтобы годовой доход в 2025 и в 2026 гг. был не более 20 млн руб.
• в 2027 г. — чтобы годовой доход в 2026 и 2027 гг. оказался не больше 15 млн руб.,
• в 2028 г. — чтобы доход за текущий и предыдущий годы составлял не более 10 млн руб. Это правило будет действовать и позднее (абз. 4 п. 1 ст. 145 НК РФ в новой редакции).

При превышении этих лимитов придется платить НДС (п. 8 ст. 164 НК РФ):

• по пониженным ставкам 5% или 7% в зависимости от размера выручки (до 250 млн руб. или от 250 млн до 450 млн руб. соответственно) и без применения вычетов «входного» налога. Такой порядок действует в течение двенадцати последовательных кварталов. От пониженных ставок можно отказаться, но только если переход на них случится впервые (п. 9 ст. 164 НК РФ в новой редакции);
• либо по ставкам  10% или 22%, если доход составил более 450 млн руб., с применением вычетов.

Общие ставки НДС применяются следующим образом.

При торговле лекарственными препаратами ставка НДС может быть общей –– 22% или льготной –– 10%. Льготная ставка применяется, если лекарство включено в правительственный перечень №688.

При продаже медицинских изделий варианты применения ставки НДС такие:

•  применять общую ставку 22%;
• получить освобождение НДС, если медизделие включено в правительственный перечень №1042 и имеет регистрационное удостоверение;
• применять ставку 10% — товар должен входить в правительственный перечень № 688.

При продаже иных, не подпадающих под льготу товаров, применяется ставка 22%.

Если аптека реализует лекарства,  медизделия и иные товары по разным ставкам НДС, то придется вести раздельный учет. 

Кроме того, при применении НДС нужно каждый квартал сдавать отчетность и платить налог, выставлять счета-фактуры, учитывать авансы и окончательные расчеты.

Переход на АУСН

Спасательным кругом для аптек-ИП может стать автоматизированная упрощенная система налогообложения (АУСН). Применять ее можно, если в регионе регистрации ИП принят закон об АУСН. До 2025 г. этот режим не пользовался популярностью у субъектов РФ, однако после введения НДС на УСН с 2025 г. многие регионы приняли такие законы. Поэтому нужно проверить, не появилась ли такая возможность в вашем субъекте.

Если по месту регистрации ИП есть закон об АУСН, а аптечные пункты у него в разных регионах, где такого закона пока нет, предприниматель все равно может применять эту систему налогообложения (Письмо ФНС России от 27.06.2022 № СД-4-3/7908@). Иметь несколько объектов могут аптеки-ИП, если они начали деятельность до 1 сентября 2022 г.

Основные правила АУСН:

• не нужно платить НДС, НДФЛ и налог на имущество физлиц;
• не нужно платить страховые взносы за себя, а также за работников, кроме взносов на травматизм;
• ставка налога составляет 8%, если платить налог с доходов, либо 20% –– при объекте «доходы минус расходы»;
• есть минимальный налог по ставке 3 % при объекте «доходы минус расходы»;
•  нет отчетности по налогам и страховым взносам;
• налог рассчитывает инспекция, а НДФЛ с зарплат работникам считает и платит банк.

Требования для АУСН

Для этого режима есть требования независимо от региона, например:

• годовой лимит доходов не более 60 млн руб., сохранится и в 2026 г.;
• средняя численность работников не более 5 человек;
• стоимость основных средств не более 150 млн руб.;
• счет в одном из уполномоченных банков. В других банках счета открывать нельзя;
•  зарплаты переводятся только в безналичном порядке.

Как перейти на АУСН

Если предприниматель применяет УСН, то нужно в любой день года подать в инспекцию уведомление об отказе от упрощенки и в том же календарном месяце направить заявление о переходе на АУСН. Применять АУСН можно уже со следующего месяца.

Вновь созданные ИП могут применять АУСН с даты регистрации. В течение 30 дней со дня постановки на учет надо уведомить о своем выборе ИФНС через личный кабинет налогоплательщика.

В заявлении о переходе на АУСН нужно указать выбранный объект налогообложения: «доходы» или «доходы минус расходы». Менять объект можно с начала следующего года. Для этого надо уведомить инспекцию до конца года и в новом году применять новый объект.

Если ранее ИП – владелец аптеки не применял УСН, перейти на АУСН можно с начала календарного года. Для этого нужно подать заявление не позднее 12 января 2026 г., потому что 31 декабря 2025 г. — нерабочий день.

Торговый сбор для аптек

Аптеки, которые зарегистрированы в Москве, платят торговый сбор (ТС) в дополнение к налогам по упрощенному или общему режимам. Сбор введен Законом г. Москвы от 17.12.2014 № 62 для розничной, мелкооптовой и оптовой торговли.

Ставки ТС применяются к физическому показателю, например, к площади торгового зала. Они дифференцированы по округам и ежегодно корректируются на коэффициент-дефлятор.

Торговый сбор платят по окончании каждого квартала, не позднее 28 числа следующего месяца (ст. 414, 417 НК РФ). 

На сумму торгового сбора можно уменьшить рассчитанный налог при АУСН и УСН с объектом «доходы» либо включить его в расходы при объекте «доходы минус расходы». На сумму сбора также можно уменьшить НДФЛ.

Что делать, если нарушены условия применения патента

Если предприниматель использует ПСН, превысил допустимый порог доходов в течение года, нарушил другие требования к патенту, нужно обратиться в ИФНС. В течение 10 календарных дней с момента превышения надо подать уведомление об утрате права на применение патента. Придется пересчитать налоговые обязательства с даты выдачи патента по другой системе, которую выберет предприниматель.

Пересчет налогов зависит от того, совмещала аптека патент с УСН или нет:

• если УСН была, доходы и расходы по патентной деятельности можно учесть в рамках УСН.
• если был только патент, предприниматель переходит на общий режим налогообложения. Это значит, он должен рассчитать НФДЛ и НДС (п. 6 ст. 346.45, п. 22 Обзора судебной практики Верховного Суда).

Из-за новшеств последних лет ПСН и так практически неинтересна аптекам-ИП, а с 2026 г. патент для всех ИП становится менее доступным и подойдет лишь торговым точкам с малым обо00ротом.

В результате предприниматели будут вынуждены увеличить свои издержки, платить больше налогов, направлять бюджет на административные и бухгалтерские цели, что повлечет рост цен для конечного потребителя. Надеемся, что тонкости перехода на иные режимы пригодятся в работе, позволят спланировать налоговую нагрузку и выбрать формат работы.